Ph.d. I Bioinformatik

University of Tehran, Kish International Campus

Studiebeskrivelse

Læs den officielle beskrivelse

Ph.d. I Bioinformatik

University of Tehran, Kish International Campus

Introduktion

Bioinformatik er en tværfaglig videnskab ved grænsefladerne af de biologiske, informative og computational science, bruger beregning til bedre at forstå biologi. Bioinformatik involverer analysen af ​​biologiske data, især DNA, RNA og proteinsekvenser. Området bioinformatik oplevede eksplosiv vækst begyndende i midten af ​​1990'erne, der primært blev drevet af Human Genome Project og af hurtige fremskridt inden for DNA sekventeringsteknologi. Nylige og nye teknologier producerer biologiske datasæt med stadigt stigende opløsning, der ikke blot afslører genomiske sekvenser, men også RNA og proteinmængder, deres interaktioner med hinanden, deres subcellulære lokalisering og identiteten og overflod af andre biologiske molekyler. Dette kræver udvikling og anvendelse af sofistikerede beregningsmetoder. Bioinformatik udnytter beregningsmetoder til analyse af mønstre i biologiske data og til at skabe komplekse modeller af biologisk aktivitet, herunder forsøg på at belyse generens funktioner og deres interaktioner i genetiske Pathways . Udbredte sociale fordele forventes ved udnyttelse af rigdom af ny viden om de genetiske mekanismer i livet og beslægtede processer.

Analyser inden for bioinformatik fokuserer overvejende på tre typer store datasæt tilgængelige i molekylærbiologi: makromolekylære strukturer, genometsekvenser og resultaterne af funktionelle genomiske eksperimenter (fx ekspressionsdata). Yderligere oplysninger omfatter teksten af ​​videnskabelige artikler og "forholdsdata" fra metaboliske Pathways , taxonomitræer og protein-protein-interaktionsnetværk. Bioinformatik beskæftiger en bred vifte af beregningsmetoder, herunder sekvens og strukturel justering, databasedesign og dataudvinding, makromolekylær geometri, fylogenetisk trækonstruktion, forudsigelse af proteinstruktur og -funktion, genfinding og ekspressionsdata-klyngning. Der lægges vægt på fremgangsmåder, der integrerer en række beregningsmetoder og heterogene datakilder.

Hovedformålet med ph.d.-uddannelsen i bioinformatik på Kish International Campus er at uddanne den næste generation af beregningsbiologer til karriere i akademi, industri og regering.

Ph.d.-pensum

Ph.d. i bioinformatik kræver færdiggørelse af 32 point, et sæt kernekurser (9 point), et seminar (1 kredit) og 8 studiepoints valgfrie kurser og en ph.d.-afhandling (18 point). Hovedvægten af ​​programmet er på en vellykket gennemførelse af et original og selvstændigt forskningsprojekt skrevet og forsvaret som en afhandling.

Omfattende eksamen

Komplet eksamen skal højst tages i slutningen af ​​4. semester og er påkrævet, før en studerende kan forsvare ph.d.-forslaget. Studerende vil have to chancer for at bestå ph.d.-kompetencen. Hvis eleverne får en evaluering af "utilfredsstillende" på deres første omfattende prøveforsøg, kan den studerende genoptage kvalifikationen en gang. Et andet fiasko vil resultere i opsigelse fra programmet. Den omfattende eksamen er designet til at sikre, at den studerende begynder tidligt i at få forskningserfaring; det sikrer også, at den studerende har potentiale til at udføre doktorgradsstudier.

Ph.d.-FORSLAG

Ph.d.-forslaget skal indeholde specifikke mål, forskningsdesign og -metoder samt foreslået arbejde og tidslinje. Desuden skal forslaget også indeholde en bibliografi og som bilag, eventuelle publikationer / supplerende materialer. Den studerende skal forsvare deres afhandlingsforslag til deres udvalg i en mundtlig eksamen.

AFHANDLING

En studerende skal vælge en afhandlingskonsulent (og en eller to medrådgivere om nødvendigt) inden for det første år af at være i ph.d.-uddannelsen, godkendt af fakultetskomiteen. I andet år skal et afhandlingskomité foreslået af rådgiveren ved siden af ​​ph.d.-forslaget afleveres til godkendelse. Afhandlingskomiteen skal bestå af mindst fem fakultetmedlemmer. To medlemmer af afhandlingskomiteen bør være fra de andre universiteter på lektor niveau. Senest ved udgangen af ​​5. semester skal en studerende præsentere og forsvare et skriftligt ph.d.-forslag.

FORSKNINGSPROGRESS

En studerende forventes at mødes med sin afhandlingskomité mindst en gang om året for at gennemgå forskningsforløbet. I begyndelsen af ​​hvert kalenderår skal hver studerende og den studerendes rådgiver aflevere en evalueringsvurdering af elevens fremskridt, der beskriver de seneste års præstationer og planer for indeværende år. Afhandlingskomiteen gennemgår disse resuméer og sender den studerende et resumé af deres status i programmet. Studerende, der undlader at gøre tilfredsstillende fremskridt, forventes at rette op på eventuelle mangler og flytte til næste milepæl inden for et år. Undladelse af at gøre det vil resultere i afskedigelse fra programmet.

Ph.d.-afhandling

Inden for 4 år efter optagelse på ph.d.-uddannelsen forventes den studerende at afslutte specialeafhandlingen Den studerende skal have resultaterne af den forskning, der er godkendt eller offentliggjort i peer-reviewed journals. Ved indlevering af en skriftlig afhandling og offentligt forsvar og godkendelse fra udvalget tildeles den studerende ph.d.-graden. Forsvaret består af (1) en præsentation af afhandlingen af ​​kandidatstuderende, (2) spørgsmålstegn ved det generelle publikum og (3) lukket dørbesvarelse af afhandlingsudvalget. Den studerende bliver informeret om eksamensresultatet ved afslutningen af ​​alle tre dele af afhandlingens forsvar. Alle medlemmer af udvalget skal underskrive den endelige rapport fra ph.d.-udvalget og den endelige udgave af afhandlingen.

Et minimum GPA på 16 over 20 skal opretholdes for eksamen.

Levelingskurser (ikke relevant for graden)

Ph.d. i Bioinformatik påtager sig en kandidatgrad i beslægtede felter. Derudover skal elever med en anden kandidatgrad kræve at gennemføre et par af følgende planlægningskurser, der er designet til at give baggrund for ph.d.-kurser. Disse udjævningskurser regnes ikke for kandidatkredit til ph.d. i bioinformatik.

Leveling kurser: Højst 3 kurser kræves; 6 point

Kernekurser: 4 kurser kræves; 10 point

Valgfrie kurser: 4 kurser kræves, 8 point

Kursusbeskrivelser

Avanceret bioinformatik

Kursusindhold:
Introduktion til bioinformatik, introduktion til molekylærbiologi, biologiske databaser, behandling af biologiske sekvenser med MATLAB, sekvenshomologi, proteinjusteringer, multiple sekvensjustering, justeringsværktøjer, biolinguistiske metoder, sekvensmodeller, efterfølgende mønstringsmodeller, genmodeller, introduktion til phylogenetisk rekonstruktion, afstand -Baserede Metoder, Karakterbaserede Metoder: Parsimon, Probabilistiske Metoder: Maksimal Sandsynlighed, Microarrays, Matlab

Algoritmer i bioinformatik

Kursusindhold:
Introduktion til Molekylærbiologi, Sequence Likviditet, Suffix Tree, Genome Alignment, Database Search, Multiple Sequence Alignment, Phylogeny Reconstruction, Phylogeny Sammenligning, Genome Omlægning, Motiv Finding, RNA Sekundær Struktur Prediction, Peptid Sequencing, Befolkningsgenetik

Strukturel bioinformatik

Kursusindhold:
Begræns molekylær modellering, Definere bioinformatik og struktur, Fundamentals of protein struktur, Søg og prøvetagning i strukturelle, Søge metoder, Data analyse og reduktion, Molekylær visualisering

Computational genomics

Kursusindhold:
Introduktion, begreber om genetisk epidemiologi, integration af linkageanalyse og næste generations sekventeringsdata, QTL-kortlægning af molekylære egenskaber for undersøgelser af humane komplekse sygdomme, fornyet interesse for haplotype fra genetisk markør til genprediktion, analytiske tilgange til eksome sekvensdata, sjældne variantanalyser i uafhængige personer, genduplikation og funktionelle konsekvenser, fra GWAS til næste generations sekventering på humane komplekse sygdomme Implikationerne for translationsmedicin og terapeutik

Metabolisk modellering

Kursusindhold:
Engineering Syntetiske Metaboloner fra Metabolisk Modellering til Rationel Design af Biosyntetiske Devices, Opbygning af syntetiske steroler computationally låse evolutionens hemmeligheder? , Karakteristik af Saccharose Transport gennem Saccharose Specifik Porin ScrY undersøgt ved Molekylær Dynamics Simuleringer, Fast Solver for Implicit Elektrostatik af Biomolekyler, Modelbaseret Design af Biokemiske Mikroreaktorer, Understøtter Stivelsebiologi med in vitro-undersøgelser af kulhydrat-aktive enzymer og biosyntetiske glycomaterialer, Compartmentalization og transport i syntetiske vesikler, metabolomics standarder og metabolisk modellering for syntetisk biologi i planter, er forudsigelser i overensstemmelse med eksperimentelle beviser? , Optimering af konstrueret produktion af glucopaphaninprecursor-dihomomethionin i Nicotiana benthamiana, Syntetiske Peptider som Proteinmimikser, Syntetiske Protein Stilladser Baseret på Peptidmotiver og Cognate Adaptor Domæner til forbedring af Metabolisk Produktivitet, Teknik af Metabole Pathways af Kunstige Enzymkanaler

Modellering i systembiologi

Kursusindhold:
Biologiske grunde, Grundlæggende om matematisk modellering, Modelkalibrering og eksperimentelt design, Modellering af cellulære processer, Enzymatisk konvertering, Polymeriseringsprocesser, Signaltransduktion og genetisk regulerede systemer, Analyse af moduler og motiver, Generelle metoder til modelanalyse, Aspekter af kontrolteori, Motiver i Cellular Networks, Analyse af Cellular Networks, Metabolic Engineering, Topological Characteristics

Avanceret data mining

Kursusindhold:
Introduktion til datalogi i bioinformatik, hierarkisk profilering og anvendelse i bioinformatikmetoder og -praksis for at kombinere flere scoring systemer, DNA-sekvensvisualisering, proteomik med massespektrometri, effektiv og robust analyse af store phylogenetiske datasæt, algoritmiske aspekter af proteinstrengning, mønsterdifferentiering og Formuleringer for heterogene genomiske data, parametrefrie clusteringsteknikker til genuttryksanalyse, fælles diskriminerende genvalg for molekylær klassificering af kræft, et haplotype-analysesystem for gener Opdagelse af almindelige sygdomme, en bayesisk ramme for forbedring af clusteringpræcision af proteinsekvenser

Maskinelæring

Kursusindhold:
Hvorfor vi er interesseret i maskinindlæring, Maskinindlæringsstatistik og dataanalyser, Møntergenkendelse, Neurale netværk og dyb læring, Læringsklynger og anbefalinger, Lære at tage handlinger, hvor skal vi hen herfra?

Computerstøttet lægemiddeldesign

Kursusindhold:
Kvantemekaniske og molekylære mekaniske tilgange, Transition Metal Systems, Modeling Protein-Protein Interactions af Stiv krop, QM Baseret Modellering, Nuværende Status og Fremtid
Denne skole tilbyder programmer i:
  • Engelsk


Sidst opdateret March 27, 2018
Varighed og pris
This course is Campusbaseret
Start Date
Startdato
Sep. 2018
Duration
Varighed
Deltid
Fuldtid
Information
Deadline
Locations
Iran - Teheran
Startdato: Sep. 2018
Ansøgningsfrist Kontakt skolen
Slutdato Kontakt skolen
Dates
Sep. 2018
Iran - Teheran
Ansøgningsfrist Kontakt skolen
Slutdato Kontakt skolen