Ph.d.-uddannelsen i bioorganisk kemi omfatter både eksperimentelle arbejde og teoretiske kurser inden for organisk og bioorganisk kemi. Programmet lægger særlig vægt på høj teoretisk viden og praktiske færdigheder inden for organisk syntese, fysiske metoder for organisk kemi, strukturelucatering og molekylær modellering fokuseret på kvantitative struktur-aktivitetsforhold. Kandidater vil være meget dygtig i organisk kemi fokuseret på design og syntese af biologisk aktive forbindelser. De vil være veluddannede til at gennemføre forskning og udviklingsarbejde inden for kemi og apotek, herunder design og fremstilling af stoffer, deres transportører og farmaceutiske hjælpestoffer.

Den graduerede undersøgelse er organiseret af afdelingen for fysisk og makromolekylær kemi i samarbejde med Institut for Organisk Kemi og Biokemi ved Videnskabsakademiet, der dækker beregningskemi, kvantekemi og molekylær modellering. Undersøgelsen er fokuseret på biomacromolekyler (DNA og proteiner) og komplekse molekylære systemer.

Studerende, der indgår i dette program, er uddannet på alle områder inden for biokemi, herunder bioenergetik, enzymologi, molekylærbiologi, proteinkemi og struktur, immunokemi, xenobiokemi (biokemi af fremmede stoffer), kemiske og cellulære fundamenter af metabolske reaktioner mv. Studerende, der deltager i programmet, er aktivt involveret i stipendierede forskningsprojekter ved Institut for Biokemi ved Det Naturvidenskabelige Fakultet for Karlsuniversitetet Prag samt i samarbejdslaboratorierne på Videnskabsakademiet i Tjekkiet samt i regionale og virksomhedslaboratorier. Studierne i programmet afsluttes med succes efter at have opnået det engelske sprogcertifikat (udstedt af uafhængige organisationer) og efter at have bestået statseksamen i biokemi og to andre emner (normalt foreslået af vejlederen) og forsvaret af ph.d.-afhandlingen En vigtig del heraf er mindst en publikation i et internationalt peer review-tidsskrift, hvor kandidaten skal være hovedforfatter.

Ph.d.-uddannelsen er udarbejdet for at forberede eksperter til selvstændigt kreativt arbejde, der anvender et højt videnniveau inden for biokemi, molekylærbiologi, genetik, mikrobiologi og avancerede instrumentteknikker.

QBM søger at uddanne en kohorte af unge videnskabsmænd, der, mens de er fast forankrede i deres hjemdisciplin, er velbevandrede i flere tilgange og tankegang. Målet er, at eleverne får det behagelige at kommunikere på tværs af traditionelle grænser, især på tværs af skillet mellem eksperiment og kvantitativ teori - at blive i virkeligheden videnskabeligt bi- eller flersproget. Til dette formål tilbyder skolen en integreret tværfaglig ph.d. program, der består af tre hovedkomponenter: