Der er flere institutioner for videregående uddannelse placeret overalt Puerto Rico, med University of Puerto Rico er den ældste og største. Som område i USA, kan borgerne få adgang til yderligere muligheder for uddannelse.

Krav til ph.d.-uddannelsen indebærer ofte den studerende allerede har fået en kandidatuddannelse. Derudover skal der indsendes en afhandling eller en disputats primært består af originale akademisk forskning. I nogle lande kan dette arbejde engang behøver at blive forsvaret foran et panel.