Den Vinohrady sundhedsvæsen campus startede sin udvikling i begyndelsen af det 20. århundrede, ved derefter i byen periferien. I 1902, kejser Franz Joseph I indviede Vinohrady Hospital som den primære hospital for borgerne i Královské Vinohrady og Zizkov distrikter. I 1925 blev staten Health Institute åbni dets nærhed. Begge institutioner snart begyndte at spille centrale roller i udviklingen i sundhedssektoren i Prag, Bohemia og Tjekkoslovakiet. Forud for opdeling af medicinske fakultet i 1953, begge institutioners serveret til uddannelse af medicinstuderende, baseret på systematisk aktivitet deres bemærkelsesværdige personale.
Af Vinohrady Hospital, var der nemlig Prof. of Ophthalmology Josef Janků, opdageren af oftalmologiske toxoplasmose (M. Jankumi); Prof. af Lung og abdominalkirurgi Emerich Polák; grundlæggeren af tjekkiske plastikkirurgi Prof. František Burian. Efter Anden Verdenskrig: grundlæggeren af tjekkoslovakiske diabetologi Prof. Jiří Syllaba, en berømt kardiolog Prof. Vratislav Jonáš, grundlæggeren af tjekkiske pædiatrisk hæmatologi Dr. Jiří Janele, Prof. of Neurology J. SEBEK, Prof. Retsmedicinsk E. Knobloch eller chefen for Psykiatrisk Institut dok. V. Petráň.
Af staten Health Institute personale nemlig: Prof. Ivan Honl, der etablerede den første terapeutiske Pasteur Instituttet på omraade med vores stat. Personalet i dette institut har deltaget i en lang række programmer af World Health Organization verdensomspændende efter Anden Verdenskrig, blandt andre i den globale udryddelse af små-syfilis (Prof. Karel Raška). Baseret på sådan en rig tradition, det var muligt at etablere et nyt medicinsk fakultet på Vinohrady sundhedspleje campus.
Vores fakultet refererer til traditionen af medicinske studier ved Charles Universitetet som det dannede en af de fire grundfag upon grundlæggelsen i 1348. Fra det akademiske år 1882-1883, Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, lige som resten af universitetet, var opdelt i to dele - tyske og tjekkiske. Den November 17th, 1939 sammen med alle andre tjekkiske skoler, blev den tjekkiske del af University lukket. Denne midlertidige stop i tjekkisk uddannelse varede indtil 1945. Så sammen med hele den tyske University, blev den tyske Fakultet afskaffet. Dens ejendom blev overdraget til den tjekkiske Fakultet. I 1953 delte Ministeriet for Videregående Uddannelser det medicinske fakultet i Prag i tre separate fakulteter: Det Naturvidenskabelige Almen Medicin (herunder stomatologi), fakultetet for Pediatrics, og Det Naturvidenskabelige Hygiene. Sidstnævnte blev omdannet til det nuværende 3. medicinske fakultet i 1990.The faktum, at en ny uafhængig Fakultet Hygiene blev oprettet i 1953 medførte nogle fundamentale ændringer, hvilket Fakultetet bevarede en grundlæggende medicinsk fokus, selv om det er specialiseret inden for hygiejne og forebyggelse. På den ene side denne specialisering mulighed for at udvikle alle grene af hygiejne i vores efterkrigstidens medicin, men på den anden side på samme tid begrænset og begrænset omfanget af elevernes erkendelse i klinisk praksis.
Den medicinske undervisning på den kommunistiske æra blev stemplet af en temmelig formalistisk og cadre tilgang. Siden november 1989, vi været i stand til at udføre alle væsentlige ændringer i organiseringen af fakultetets forudsætning for realiseringen af de nye reformer læseplaner og studere. Navnet på fakultetet blev ændret til 3. Faculty of Medicine, Charles University, der understregede sin primære generelle fokus. Assoc. Prof. Cyril Höschl, MD, var den første dekan for fakultetet valgt i de frie valg efter revolutionen i 1989. Akademisk Senatet blev etableret derefter sammen med Det Videnskabelige Råd, som i dag hverver mange udestående udenlandske medlemmer. Der var konkurrencer for alle de ledende stillinger på bestemte institutter, klinikker og andre universitetsuddannelser positioner. Studieordningen er blevet omstruktureret, så forsøgsplanen afspejler den generelle orientering af fakultetet integrere et udviklet område af forebyggende emner. Masser af medarbejdere fra forskellige dele af Ministeriet for Sundhed og Academy of Sciences i Den Tjekkiske Republik er direkte involveret i den pædagogiske samt forskningsaktiviteter fakultetet.
I september 1992 blev en ny Fakultet bygning på Ruská gaden blev åbnet. Det huser dekanatet, forskellige teoretiske afdelinger, afdelinger hygiejne og forebyggende fag, og sidst, men ikke mindst, Center for Scientific Information, nyetableret i 1992. I maj 1991 indgav fru Margaret M. Bertrand, en canadisk professor i engelsk sprog, der blev grundlagt en pris for den bedste elev af fakultetet skal indgås årligt på graduering ceremoni. Betingelserne for studier og videnskabeligt arbejde har forbedret med åbningen af det nybyggede 6. etage af de vigtigste fakultet bygning i maj 2000 imødekommende bl.a. Department of Nutrition og laboratorier for kemi og molekylær biologi. Yderligere forbedringer er kommet ind maj 2006 med det recontructed del af Nursing College på Ruská 91, hvor Institut for Medicinsk Etik, Sygepleje og fremmedsprog er nu baseret. Studerendes besøg i udlandet bliver en uudslettelig del af undervisningen på fakultetet. Deltagelse i internationale programmer og videnskab og forskning foredrag af udenlandske specialister gør det muligt for fakultetet at sprede sine vinger og etablere nye gensidigt gavnlige videnskabelige stipendier. Dette letter forbedringer i kvaliteten af undervisningsmateriale, undersøgelser af nye metoder, procedurer og tilgange og dermed skabe tekniske betingelser uundværlige for at opnå en højere uddannelse.
Den 3. Fakultet tillagt sine undervisning grader til mange fremtrædende personligheder i de sidste tre år, blandt de mest fremtrædende var: Prof. Zdeněk Neubauer i biologi, dok. Ivan M. Havel i kunstig intelligens, og Prof. Luboslav Starka i endokrinologi. Samtidig, flere snesevis af foredrag af kendte udenlandske specialister fandt sted på enemærker fakultetet. Lad os nævne mindst nobelpristageren i neurofysiologi Prof. J. Eccles, berømt speciallæge i psykiatri Prof. P. Grof, og daseins-analytisk Prof. Condrau. Som foreslået af Det Videnskabelige Råd Fakultet, Sir Karl Raimund Popper (1902-1996), epistemologist, åbent samfund fortaler, en af de største filosoffer i det tyvende århundrede, blev tildelt graden af læge honoris causa i medicin den 25. maj 1994. Den 3. Fakultet var part i at tildele en honorær doktorgrad til en af opdagere af DNA, nobelpristageren, professor James Watson. Ligeledes i anledning af den 650:e året for Charles University fundament, vi foreslog, at en anden nobelpristageren, en verdensomspændende kendt neurofysiolog, professor Huxley fra Storbritannien, også blive tildelt en æresdoktor i 1998.
MUDr. P. Čech af vores fakultet indledte placering af honorære plaques til minde om nobelpristagere i Medicine Mr. og Mrs. Cori til deres fødested huse i Salmovska og Petrska gader i Prag i projektet Prag-Europæisk Kulturby 2000. Samarbejdet mellem de enkelte Fakulteter universitetet, især fakulteter of Medicine, er stigende. Universitetet understøtter en sund konkurrence i sportsaktiviteter blandt fakulteter, og de studerende deltager også i forskellige sociale og kulturelle arrangementer, ikke kun i dette land, men i udlandet. Fakultetet udgiver VITA NOSTRA magasin, hvilket afspejler den akademiske liv i samfundet og som repræsenterer forskellige sider af fakultetet i to funktionelt forskellige spørgsmål: VITA NOSTRA REVUE, en kvartalsvis samling af artikler, kommentarer og refleksioner, og VITA NOSTRA SERVIS, en informationsbulletin der kommer ud på en ugentlig basis. I det akademiske år 1991-1992 tog fakultetet om udenlandske studerende i almen medicin med fokus på forebyggelse. Undervisningssproget er engelsk. De rettigheder og pligter udenlandske studerende er fastsat i de indgåede kontrakter mellem den studerende og fakultetets dekan.
Nye krav til moderne medicin på læger er afspejlet i den nye studieordning of Medicine, som fakultetet har gennemført siden det akademiske år 1996-1997.
Undervisningen grundlag af 3. LF omfatter fakultetet Hospital Královské Vinohrady, Psykiatrisk Center Praha, Hospital Na Bulovce, Thomayer Hospital, Institut for mor og barn, Sygehus Na Homolce, Central Military Hospital og Statens Institut for Folkesundhed. Fremtrædende eksperter fra tjekkiske videnskabsakademi og Institut for Klinisk og Eksperimentel Medicin deltager også i undervisningen.