Det Naturvidenskabelige Fakultet blev oprettet i 1920 som det femte fakultet for Charles University. Det har i øjeblikket 29 afdelinger, 3 museer og en stor botanisk have, hvor studieafdelingen og nogle elevernes faciliteter er placeret.

I dag er fakultetet akademisk og organisatorisk opdelt i fire sektioner: biologisk, geografisk, geologisk og kemisk. Ud over disse sektioner har fakultetet flere specialister undervisnings- og forskningscentre, herunder tværfaglige institutioner som instituttet for miljøstudier. Alle dele af fakultetet er aktive i både undervisning og forskning.

Fakultetets naturvidenskabelige mission er at skabe højt kvalificerede eksperter inden for biologi, kemi, geografi, geologi og andre tværfaglige områder. Dens videnskabelige og forskningsindsats har til formål at løse nøgleproblemer med udviklingen af ​​det menneskelige samfund. Nogle af de prioriterede langsigtede emner er menneskers sundhed, undersøgelsen af ​​funktionen og forudsigelsen af ​​udviklingen af ​​økosystemer og biosfæren samt udvikling af miljøvenlige materialer baseret på udnyttelse af vedvarende ressourcer.

Det Naturvidenskabelige Fakultet tilbyder tre uddannelsesniveauer, bachelor, master og doktorale. Alle bachelor- og kandidatuddannelser omfatter både teoretisk undervisning og praktiske øvelser i laboratorier, og nogle kurser kombinerer naturvidenskabelige studier med læreruddannelse på et valgt felt. Bachelorkurser er introduktioner til dybere studier, der følger med i kandidatuddannelserne. Masteruddannelserne træner eksperter til videnskabelige og forskningsinstitutter, statslige karriere, industri og den private sektor. Kandidater fra kandidatuddannelsen med læreruddannelseselementet er kvalificerede til at undervise i gymnasier og gymnasier. Doktorale uddannelser uddanner højt specialiseret personale til videnskab og forskningsaktiviteter.